画像情報処理研究チーム

当チームは理研オリジナルな情報処理技術の開発、多次元の計測技術の開発により、生命現象の解明に貢献することを目的としています。特に、新規の情報処理技術、画像処理技術の研究開発により、理研内外の研究者に向けた、生命現象を定量化する新規ツールを確立することにより、数理生物学、バイオメディカルシミュレーション、医療診断・治療技術の向上に貢献します。

研究分野

工学 / 生物学 & 生化学 / 臨床医学 / コンピューター科学 / 数学

研究テーマ

• 生物情報基盤システムの開発
• 生きている細胞の現象を記載したライブセルモデルの構築
• 生物情報データ作成のための計測システムの構築

主要論文

1. Yuko Okamura-Oho*, Kazuro Shimokawa, Satoko Takemoto, Asami Hirakiyama, Sakiko Nakamura, Yuki Tsujimura, Masaomi Nishimura, Takeya Kasukawa, Koh-hei Masumoto, Itoshi Nikaido, Yasufumi Shigeyoshi, Hiroki R. Ueda, Gang Song, James Gee, Ryutaro Himeno, Hideo Yokota
   Transcriptome tomography for brain analysis in the web-accessible anatomical space
   PLOS ONE Doi: 10.1371/journal.pone.0045373 (2012)
2. S. Hihara, C.-G. Pack, K. Kaizu, T. Tani, T. Hanafusa, T. Nozaki, S. Takemoto, T. Yoshimi, H. Yokota, N. Imamoto, Y. Sako, M. Kinjo, K. Takahashi, T. Nagai, and K. Maeshima
   Local Nucleosome Dynamics Facilitate Chromatin Accessibility in Living Mammalian Cells
   Cell Reports, Vol. 2(6), pp. 1645-1656, 2012.
3. Katsuya Kominami, Takeharu Nagai, Tatsuya Sawasaki, Yuki Tsujimura, Kenta Yashima, Yasuhiro Sunaga, Masateru Tsuchimochi, Jun Nishimura, Kumiko Chiba, Jun Nakabayashi, Koji Koyamada, Yaeta Endo, Hideo Yokota, Atsushi Miyawaki, Noboru Manabe, Kazuhiro Sakamaki
   In Vivo Imaging of Hierarchical Spatiotemporal Activation of Caspase-8 during Apoptosis
   PLoS ONE 7(11): e50218. doi:10.1371/journal.pone.0050218 (2012)
4. Ijiri T, Ashihara T, Umetani N, Igarashi T, Haraguchi R, Yokota H, Nakazawa K
   A Kinematic Approach for Efficient and Robust Simulation of the Cardiac Beating Motion
   PLoS ONE 7(5): e36706. doi:10.1371/journal.pone.0036706
5. Kazuhiro Fujisaki, Hideo Yokota , Naomichi Furushiro ,Shintaro Komatani, Sumito Ohzawa , Yoshimichi Sato ,Daisuke Matsunaga ,Ryutaro Himeno , Toshiro Higuchi, Akitake Makinouchi,
   "Three-Dimensional Microscopic Elemental Analysis Using an Automated High-Precision Serial Sectioning System"
   Microscopy and Microanalysis, volume 17, issue 02, pp. 246-251.2011
6. Takashi Ijiri and Hideo Yokota:
   "Contour-based Interface for Refining Volume Segmentation"
   Computer Graphics Forum, 29(2011), 7, 2153-2160.
7. Maeshima K, Iino H, Hihara S, Funakoshi T, Watanabe A, Nishimura M, Nakatomi R, Yahata K, Imamoto F, Hashikawa T, Yokota H, and Imamoto N,
   "Nuclear Pore Formation, but Not Nuclear Growth, is Governed by Cyclin-dependent Kinases (Cdks) During Interphase in Human Dividing Cells"
   Nature Structure & Molecular Biology,17,pp.1065-1071(2010)
8. S. Yoshizawa, A. Belyaev, and H. Yokota,
   "Fast Gauss Bilateral Filtering"
   Computer Graphics Forum The International Journal of Eurographics Association, Vol.29(1), pp. 60-74, 2010.
9. K. Fujisaki, H.Yokota, H. Nakatsuchi, Y. Yamagata, T. Nishikawa, T. Udagawa and A. Makinouchi,
   "Observation of three-dimensional internal structure of steel materials by means of serial sectioning with ultrasonic elliptical vibration cutting"
   Journal of Microscopy,vol.237, 1, pp.89-95, (2010)
10. T. Ijiri, K. Takayama, H. Yokota, and T. Igarashi,
    "ProcDef: Local-to-global Deformation for Skeleton-free Character Animation"
    Computer Graphics Forum: The International Journal of Eurographics Association (Proc. of Pacific Graphics), Vol.28(7), pp. 1821-1828, 2009.