生命システム研究センター
創薬先端計算科学基盤ユニット
基盤ユニットリーダー 泰地 真弘人 (D. Sci.)
本基盤では、創薬研究の推進のため「大規模・高速スパコン利用先端計算科学技術によるインシリコ創薬の確立とその応用」を図ります。インシリコ創薬を高精度化するために水溶液中のタンパク質-低分子化合物の複合体構造の動態を考慮し、高精度な結合親和性を予測する分子シミュレーション技術を実現します。薬物候補化合物の分子レベルにおける理解・究明を深め、また、有望化合物構造式の特定（生成・選択）に役立てます。
研究テーマ
- 大規模・高速スパコン利用先端計算科学技術によるインシリコ創薬の確立とその応用
- 創薬標的を対象とするインシリコスクリーニングによるヒット探索
- 創薬標的を対象とする高精度分子シミュレーションによる高結合親和性化合物の分子設計
主要論文
- Noriaki Okimoto, Noriyuki Futatsugi, Hideyoshi Fuji1,3, Atsushi Suenaga, Gentaro Morimoto, Ryoko Yanai, Yousuke Ohno, Tetsu Narumi, and Makoto Taiji:
"High-Performance Drug Discovery: Computational Screening by Combining Docking and Molecular Dynamics Simulations."
2009. PLoS Comput Biol 5(10): e1000528. doi:10.1371/journal.pcbi.1000528
- Hiroko X. Kondo, Noriaki Okimoto, Gentaro Morimoto, and Makoto Taiji:
"Free-Energy Landscapes of Protein Domain Movements upon Ligand Bindin."
2011. J. Phys. Chem. B, 115, 7629-7636.
- Atsushi Suenaga, Mariko Hatakeyama, Mio Ichikawa, Xiaomei Yu, Noriyuki Futatsugi, Tetsu Narumi,Kazuhiko Fukui, Takaho Terada, Makoto Taiji, Mikako Shirouzu, Shigeyuki Yokoyama, and Akihiko Konagaya:
"Molecular Dynamics, Free Energy, and SPR Analyses of the Interactions between the SH2 Domain of Grb2 and ErbB Phosphotyrosyl Peptides."
2003, Biochemistry 42, 5195-5200
- Atsushi Suenaga, Naoki Takada, Mariko Hatakeyama, Mio Ichikawa, Xiaomei Yu, Kentaro Tomii, Noriaki Okimoto, Noriyuki Futatsugi, Tetsu Narumi, Mikako Shirouzu, Shigeyuki Yokoyama, Akihiko Konagaya, and Makoto Taiji:
"Novel Mechanism of Interaction of p85 Subunit of Phosphatidylinositol 3-Kinase and ErbB3 Receptor-derived Phosphotyrosyl Peptides."
2005, THE JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 280, 1321-1326.