Zhang独立主幹研究ユニット

タンパク質の複雑な生物学的機能は、同様に緻密な三次元構造によって決定されます。正確に折りたたまれた天然構造は、細胞中におけるタンパク質の適切な機能実現にとって不可欠です。天然構造からの小さな歪みが、タンパク質の機能不全を起こし疾患を生じます。我々の目標は、タンパク質構造の計算科学的研究を経て、その機能を理解し調整することです。我々はタンパク質構造予測の手法を開発し、新型構造、新しい生物学的機能、または効果的な治療薬をもつタンパク質を創造するのに設計原理を応用しています。我々はX線結晶構造位相問題を解決するために新しい制約を探求しています。また、様々な薬物標的の新しい阻害剤を発見するために、スキャフォールドを基にしたドラッグデザインの手法を使用しています。

研究テーマ

• タンパク質結晶構造における位相修復の直接的手法
• X線結晶構造における密度修正と位相改良
• タンパク質構造の計算予測
• タンパク質フォールディングとデザイン
• スキャフォールドに基づいたドラッグデザイン

主要論文

1. Voet, A., Helsen, C., Zhang, K. Y. J., Claessens, F.:
   "The discovery of novel hAR receptor antagonist chemotypes using a combined pharmacophore screening procedure."
   ChemMedChem., DOI: 10.1002/cmdc.201200549 (2013)
2. Shrestha, R., Simoncini, D., Zhang, K. Y. J.:
   "Error-estimation-guided rebuilding of de novo models increases the success rate for ab initio phasing."
   Acta Cryst. D68., 1522-1534 (2012)
3. Kumar, A., Voet, A., Zhang, K. Y. J.:
   "Fragment based drug design: from experimental to computational approaches."
   Curr. Med. Chem., 19, 5128-5147 (2012)
4. Simoncini, D., Berenger, F., Shrestha, R., Zhang, K. Y. J.:
   "A probabilistic fragment-based protein structure prediction algorithm."
   PLoS ONE, 7, e38799, 1-11 (2012)
5. Voet, A., Zhang, K. Y. J.:
   "Pharmacophore modeling as a virtual screening tool for the discovery of small molecule protein-protein interaction inhibitors."
   Current Pharmaceutical Design, 18, 4586-4598 (2012)
6. Kumar, A., Zhang, K. Y. J.:
   "Computational Fragment-based Screening Using RosettaLigand: the SAMPL3 Challenge."
   J. Comput-Aided Mol. Des., 26, 603-616 (2012)
7. Berenger, F., Shrestha, R., Zhou, Y., Simoncini, D., Zhang, K. Y. J.:
   "Durandal: fast exact clustering of protein decoys."
   J. Compu. Chem., 33, 471-474 (2012)
8. Shrestha, R., Berenger F., Zhang, K. Y. J.:
   "Accelerating ab initio phasing with de novo models. "
   Acta Cryst. D67, 804-812 (2011)
9. Berenger F., Zhou Y., Shrestha, R., Zhang, K. Y. J.:
   "Entropy-accelerated exact clustering of protein decoys."
   Bioinformatics, 27, 939-945 (2011)
10. Berenger F., Coti C., Zhang K. Y. J.:
    "PAR: A PARallel And Distributed Job Crusher."
    Bioinformatics, 26, 2918-2919 (2010)