統合バイオインフォマティクス研究チーム

当研究室は、センター内の他研究室をサポートすべく中央集中型バイオインフォマティクスを提供しています。特にメタゲノムやメタトランスクリプトーム解析に重点を置き、小規模・大規模データセットの効率的操作や、発現プロフィール解析・転写ネットワーク解析・バイオマーカー探索などによる様々なデータ解析のために、基礎構造の供給経路やツールを開発しています。

研究分野

分子生物 & 遺伝学 / 環境 & エコロジー(生態)

研究テーマ

• メタジェノミクス
• バイオインフォマティクス
• データ統合

主要論文

1. Hariharan, R., Simon, R., Pillai, M.R., and Taylor T.D.:
   "Comparative analysis of DNA word abundances in four yeast genomes using a novel statistical background model"
   PLoS One 8, e58038. (2013).
2. Fukuda, S., Toh, H., Taylor, T.D., Ohno, H., and Hattori, M.:
   "Acetate-producing bifidobacteria protect the host from enteropathogenic infection via carbohydrate transporters"
   Gut Microbes 3, 449-454. (2012).
3. Prakash, T., and Taylor, T.D.:
   "Functional assignment of metagenomic data: challenges and applications"
   Briefings in Bioinformatics 13, 1-17. (2012).
4. Sharma, V.K., Kumar, N., Prakash, T., and Taylor, T.D.:
   "Fast and accurate taxonomic assignments of metagenomic sequences using MetaBin"
   PLoS ONE 7, e34030. (2012).
5. Nishida, H., Kondo, S., Matsumoto, T., Suzuki, Y., Yoshikawa, H., Taylor, T.D., and Sugiyama, J.:
   "Characteristics of nucleosomes and linker DNA regions on the genome of the basidiomycete Mixia osmundae revealed by mono- and dinucleosome mapping"
   Open Biology 2, 120043. (2012).
6. Toh, H., Sharma, V.K., Oshima, K., Kondo, S., Hattori, M., Ward, F.B., Free, A., and Taylor, T.D.:
   "Complete genome sequences of Arcobacter butzleri ED-1 and Arcobacter sp. strain L, both isolated from a microbial fuel cell"
   J Bacteriol 193, 6411-6412. (2011).
7. Prakash, T., Oshima, K., Morita, H., Fukuda, S., Imaoka, A., Kumar, N., Sharma, V.K., Takahashi, M., Saitou, N., Taylor, T.D., Ohno, H., Umesaki, Y., and Hattori, M.:
   "Complete genome sequences of rat and mouse segmented filamentous bacteria, a potent inducer of Th17 cell differentiation"
   Cell Host & Microbe 10, 273-284. (2011).
8. Avasthi, T.S., Devi, S.H., Taylor, T.D., Kumar, N., Baddam, R., Kondo, S., Suzuki, Y., Lamouliatte, H., Mégraud, F., and Ahmed, N.:
   "Genomes of two chronological isolates (Helicobacter pylori 2017 and 2018) of the West African Helicobacter pylori strain 908 obtained from a single patient"
   J Bacteriol 193, 3385-3386. (2011).
9. Fukuda, S., Toh, H., Hase, K., Oshima, K., Nakanishi, Y., Yoshimura, K., Tobe, T., Clarke, J.M., Topping, D.L., Suzuki, T., Taylor, T.D., Itoh, K., Kikuchi, J., Morita, H., Hattori, M., and Ohno, H.:
   "Bifidobacteria can protect from enteropathogenic infection through production of acetate"
   Nature 469, 543-547. (2011).
10. Prakash, T., Sharma, V.K., Adati, N., Ozawa, R., Kumar, N., Nishida, Y., Fujikake, T., Takeda, T., and Taylor, T.D.:
    "Expression of conjoined genes: another mechanism for gene regulation in eukaryotes"
    PLoS ONE 5, 1-9. (2010).