植物ゲノム発現研究チーム

最先端のゲノム科学的方法により、環境ストレス適応・馴化に関するエピジェネティックやRNA の制御機構を明らかにし、化合物などの活用により新たな有用植物資源の創出法の開発を目指します。統合オミックス解析により、デンプン合成制御ネットワークを明らかにし、生産性向上などの有用植物資源の創出法の開発を目指します。また、最先端のゲノム科学的手法を用いてトランスクリプトームおよびエピゲノム解析に関する共同研究を推進します。

研究分野

生物学 & 生化学 / 分子生物 & 遺伝学 / 農学 / 植物 & 動物学

• 環境ストレス適応・馴化に関与するエピジェネティック制御機構の解明
• 環境ストレス適応・馴化に関与するRNA制御機構の解明
• 化合物などの活用による新たな有用植物資源（環境ストレス耐性植物など）の創出法の開発
• 統合オミックス解析によるデンプン合成制御ネットワークの解明および生産性向上などの有用植物資源の創出法の開発
• トランスクリプトーム解析およびエピゲノム解析の共同研究の推進（植物科学最先端研究拠点ネットワーク事業など）

主要論文

1. Seki, M., Narusaka, M., Abe, H., Kasuga, M., Yamaguchi-Shinozaki, K., Carninci, P., Hayashizaki, Y. and Shinozaki, K.:
   "Monitoring the expression pattern of 1300 Arabidopsis genes under drought and cold stresses using a full-length cDNA microarray."
   Plant Cell 13, 61-72 (2001).
2. Seki, M., Narusaka, M., Kamiya, A., Ishida, J., Satou, M., Sakurai, T., Nakajima, M., Enju, A., Akiyama, K., Oono, Y., Muramatsu, M., Hayashizaki, Y., Kawai, J., Carninci, P., Itoh, M., Ishii, Y., Arakawa, T., Shibata, K., Shinagawa, A. and Shinozaki, K.:
   "Functional annotation of a full-length Arabidopsis cDNA collection."
   Science 296, 141-145 (2002).
3. Seki, M., Narusaka, M., Ishida, J., Nanjo, T., Fujita, M., Oono, Y., Kamiya, A., Nakajima, M., Enju, A., Sakurai, T., Satou, M., Akiyama, K., Taji, T., Yamaguchi-Shinozaki, K., Carninci, P., Kawai, J., Hayashizaki, Y. and Shinozaki, K.:
   "Monitoring the expression profiles of 7000 Arabidopsis genes under drought, cold, and high-salinity stresses using a full-length cDNA microarray."
   Plant J 31, 279-292 (2002).
4. Yamada, K., Lim, J., Dale, J.M., Chen, H., Shinn, P., Palm, C.J., Southwick, A.M., Wu, H.C., Kim, C., Nguyen, M., Pham, P., Cheuk, R., Karlin-Neumann, G., Liu, S.X., Lam, B., Sakano, H., Wu, T., Yu, G., Miranda, M., Quach, H.L., Tripp, M., Chang, C.H., Lee, J.M., Toriumi, M., Chan, M.M.H., Tang, C.C., Onodera, C.S., Deng, J.M., Akiyama, K., Ansari, Y., Arakawa, T., Banh, J., Banno, F., Bowser, L., Brooks, S., Carninci, P., Chao, Q., Choy, N., Enju, A., Goldsmith, A.D., Gurjal, M., Hansen, N.F., Hayashizaki, Y., Johnson-Hopson, C., Hsuan, V.W., Iida, K., Karnes, M., Khan, S., Koesema, E., Ishida, J., Jiang, P.X., Jones, T., Kawai, J., Kamiya, A., Meyers, C., Nakajima, M., Narusaka, M., Seki, M., Sakurai, T., Satou, M., Tamse, R., Vaysberg, M., Wallender, E.K., Wong, C., Yamamura, Y., Yuan, S., Shinozaki, K., Davis, R.W., Theologis, A. and Ecker, J.R.:
   "Empirical analysis of transcriptional activity in the Arabidopsis genome.
   Science 302, 842-846 (2003)."
5. Seki, M., Kamei, A., Yamaguchi-Shinozaki, K. and Shinozaki, K.:
   "Molecular responses to drought, salinity and frost: common and different paths for plant protection."
   Curr. Opin. Biotechnol. 4,194-199 (2003).
6. Matsui, A., Ishida, J., Morosawa, T., Mochizuki, Y., Kaminuma, E., Endo, T.A., Okamoto, M., Nambara, E., Nakajima, M., Kawashima, M., Satou, M., Kim, J.M., Kobayashi, N., Toyoda, T., Shinozaki, K. and Seki, M:
   "Arabidopsis transcriptome analysis under drought, cold, high-salinity and ABA treatment conditions using a tiling array."
   Plant Cell Physiol. 49, 1135-1149 (2008).
7. Kurihara, Y., Matsui, A., Hanada, K., Kawashima, M., Ishida, J., Morosawa, T., Tanaka, M., Kaminuma, E., Mochizuki, Y., Matsushima, A., Toyoda, T., Shinozaki, K. and Seki, M.:
   "Genome-wide suppression of aberrant mRNA-like noncoding RNAs by NMD in Arabidopsis."
   Proc. Natl. Acad. Sci. USA 106, 2453-2458 (2009).
8. Okamoto, M., Tatematsu, K., Matsui, A., Morosawa, T., Ishida, J., Tanaka, M., Endo, A.T., Mochizuki, Y., Toyoda, T., Kamiya, Y., Shinozaki, K., Nambara, E. and Seki, M.:
   "Genome-wide analysis of endogenous abscisic acid-mediated transcription in dry and imbibed seeds of Arabidopsis using tiling arrays."
   Plant J. 62, 39-51 (2010).
9. To, T.K., Kim, J.M., Matsui, A., Kurihara, Y., Morosawa, T., Ishida, J., Tanaka, M., Endo, T., Kakutani, T., Toyoda, T., Kimura, H., Yokoyama, S., Shinozaki, K. and Seki, M.:
   "Arabidopsis HDA6 regulates locus-directed heterochromatin silencing in cooperation with MET1. PLoS Genet. 7, e1002055 (2011)."
10. Kim, J.M., To, T.K., Ishida, J., Matsui, A., Kimura, H. and Seki, M.:
    "Transition of chromatin status during the recovery process from drought stress in Arabidopsis thaliana."
    Plant Cell Physiol. 53, 847-856 (2012).