環境資源科学研究センター
統合ゲノム情報研究ユニット
ユニットリーダー 櫻井 哲也
生命科学研究における情報技術の活用は、近年ますますその重要性が高まっています。生命のシステムを理解するためにはゲノムからフェノームに渡る広範囲の生命情報を統合的に解析するアプローチが必要になり、これには多種多様のデータを解析するための統合された情報基盤を必要とします。当ユニットでは、シロイヌナズナ、イネ、ポプラなど多生物種の生命情報に自由にアクセスできる情報基盤の整備を推進しています。また、シークエンス技術および比較ゲノムに基づくデータマイニング技術を開発し、トランスクリプトーム・メタボロームのデータベース、解析環境など各種研究支援環境を提供します。さらに、これらの技術と情報基盤を融合させた植物統合データベースの構築を目指します。
研究分野
生物学 & 生化学 / 分子生物 & 遺伝学 / 農学
研究テーマ
- トランスクリプトーム・メタボロームにおける解析環境の提供
- 自由度の高いアクセス方法を実装した情報基盤の整備、データベース開発
- 配列データに基づく、ゲノミクスおよび比較解析の推進
主要論文
- Sakurai T, Yamada Y, Sawada Y, Matsuda F, Akiyama K, Shinozaki K, Hirai MY, Saito K.:
"PRIMe Update: Innovative Content for Plant Metabolomics and Integration of Gene Expression and Metabolite Accumulation."
Plant Cell Physiol., in press.
- Sawada Y, Nakabayashi R, Yamada Y, Suzuki M, Sato M, Sakata A, Akiyama K, Sakurai T, Matsuda F, Aoki T, Hirai MY, Saito KSawada Y, Nakabayashi R, Yamada Y, Suzuki M, Sato M, Sakata A, Akiyama K, Sakurai T, Matsuda F, Aoki T, Hirai MY, Saito K.:
"RIKEN tandem mass spectral database (ReSpect) for phytochemicals: a plant-specific MS/MS-based data resource and database."
Phytochemistry, 82, 38-45 (2012).
- Sakurai T, Kondou Y, Akiyama K, Kurotani A, Higuchi M, Ichikawa T, Kuroda H, Kusano M, Mori M, Saitou T, Sakakibara H, Sugano S, Suzuki M, Takahashi H, Takahashi S, Takatsuji H, Yokotani N, Yoshizumi T, Saito K, Shinozaki K, Oda K, Hirochika H, Matsui M.MK, Sandhu D, Valliyodan B, Lindquist E, Peto M, Grant D, Shu S, Goodstein D, Barry K, Futrell-Griggs M, Abernathy B, Du J, Tian Z, Zhu L, Gill N, Joshi T, Libault M, Sethuraman A, Zhang XC, Shinozaki K, Nguyen HT, Wing RA, Cregan P, Specht J, Grimwood J, Rokhsar D, Stacey G, Shoemaker RC, Jackson SA.:
"RiceFOX: a database of Arabidopsis mutant lines overexpressing rice full-length cDNA that contains a wide range of trait information to facilitate analysis of gene function."
Plant Cell Physiol., 52, 265-273 (2011).
- Schmutz J, Cannon SB, Schlueter J, Ma J, Mitros T, Nelson W, Hyten DL, Song Q, Thelen JJ, Cheng J, Xu D, Hellsten U, May GD, Yu Y, Sakurai T, Umezawa T, Bhattacharyya MK, Sandhu D, Valliyodan B, Lindquist E, Peto M, Grant D, Shu S, Goodstein D, Barry K, Futrell-Griggs M, Abernathy B, Du J, Tian Z, Zhu L, Gill N, Joshi T, Libault M, Sethuraman A, Zhang XC, Shinozaki K, Nguyen HT, Wing RA, Cregan P, Specht J, Grimwood J, Rokhsar D, Stacey G, Shoemaker RC, Jackson SA.:
"Genome sequence of the palaeopolyploid soybean"
Nature, 463, 178-183 (2010).
- Mochida K, Yoshida T, Sakurai T, Ogihara Y, Shinozaki K.:
"TriFLDB: A database of Clustered full-length coding sequences from triticeae with applications to comparative grass genomics"
Plant Physiol., 150,1135-1146 (2009)
- Akiyama K, Chikayama E, Yuasa H, Shimada Y, Tohge T, Shinozaki K, Hirai MY, Sakurai T, Kikuchi J, Saito K.:
"PRIMe: a Web site that assembles tools for metabolomics and transcriptomics"
In Silico Biol., 8, 339-345 (2008).
- Umezawa T, Sakurai T, Totoki Y, Toyoda A, Seki M, Ishiwata A, Akiyama K, Kurotani A, Yoshida T, Mochida K, Kasuga M, Todaka D, Maruyama K, Nakashima K, Enju A, Mizukado S, Ahmed S, Yoshiwara K, Harada K, Tsubokura Y, Hayashi M, Sato S, Anai T, Ishimoto M, Funatsuki H, Teraishi M, Osaki M, Shinano T, Akashi R, Sakaki Y, Yamaguchi-Shinozaki K, Shinozaki K.:
"Sequencing and analysis of approximately 40,000 soybean cDNA clones from a full-length-enriched cDNA library"
DNA Res, 15, 333-346 (2008).
- Sakurai T, Plata G, Rodriguez-Zapata F, Seki M, Salcedo A, Toyoda A, Ishiwata A, Tohme J, Sakaki Y, Shinozaki K, Ishitani M.:
"Sequencing analysis of 20.000 full-length cDNA clones from cassava reveals lineage specific expansions in gene families related to stress response"
BMC Plant Biology, 7, 66 (2007).
- Itoh T, Tanaka T, Barrero RA, Yamasaki C, Fujii Y, Hilton PB, Antonio BA, Aono H, Apweiler R, Bruskiewich R, Bureau T, Burr F, Costa de Oliveira A, Fuks G, Habara T, Haberer G, Han B, Harada E, Hiraki AT, Hirochika H, Hoen D, Hokari H, Hosokawa S, Hsing Y, Ikawa H, Ikeo K, Imanishi T, Ito Y, Jaiswal P, Kanno M, Kawahara Y, Kawamura T, Kawashima H, Khurana JP, Kikuchi S, Komatsu S, Koyanagi KO, Kubooka H, Lieberherr D, Lin YC, Lonsdale D, Matsumoto T, Matsuya A, McCombie WR, Messing J, Miyao A, Mulder N, Nagamura Y, Nam J, Namiki N, Numa H, Nurimoto S, O'Donovan C, Ohyanagi H, Okido T, OOta S, Osato N, Palmer LE, Quetier F, Raghuvanshi S, Saichi N, Sakai H, Sakai Y, Sakata K, Sakurai T, Sato F, Sato Y, Schoof H, Seki M, Shibata M, Shimizu Y, Shinozaki K, Shinso Y, Singh NK, Smith-White B, Takeda JI, Tanino M, Tatusova T, Thongjuea S, Todokoro F, Tsugane M, Tyagi AK, Vanavichit A, Wang A, Wing RA, Yamaguchi K, Yamamoto M, Yamamoto N, Yu Y, Zhang H, Zhao Q, Higo K, Burr B, Gojobori T, and Sasaki T.:
"Curated genome annotation of Oryza sativa ssp. japonica and comparative genome analysis with Arabidopsis thaliana"
Genome Res., 17, 175-183 (2007).
- Sakurai, T., Satou, M., Akiyama, K., Iida, K., Seki, M., Kuromori, T., Ito, T., Konagaya, A., Toyoda, T., and Shinozaki, K.:
"RARGE: a large-scale database of RIKEN Arabidopsis resources ranging from transcriptome to phenome"
Nucleic Acids Res., 33, D647-D650 (2005).