バイオマス研究基盤チーム

植物や微生物等の関連リソースやゲノム情報等の基盤整備、メタボローム解析手法などに関わる研究開発が目的です。セルロースバイオマス増産研究のモデル植物として期待される「ブラキポディウム」におけるセルロース生産向上、生長や環境耐性の向上等に関わる遺伝子探索を実施するとともに、シロアリ共生微生物群などを対象に、メタゲノム解析及びシングルセルでのゲノム解析を行います。

研究分野

生物学 & 生化学 / 分子生物 & 遺伝学 / 農学 / 植物 & 動物学

研究テーマ

• バイオマスモデル植物のブラキポディウム（Brachypodium distachyon）を用いた変異体や完全長cDNAの収集等のリソース基盤整備
• 逆遺伝学および比較ゲノム解析に基づいたバイオマス生産性（収量と環境耐性など）に関わる遺伝子の探索と利用
• バイオマス生産に関わる樹木、草本への応用展開を目指した情報基盤の構築
• メタゲノム解析、単細胞ゲノム解析により、シロアリ共生菌などから木質分解に関わる重要遺伝子の探索と微生物リソースの整備
• バイオマス関連の代謝解析のための技術基盤の構築と解析

主要論文

1. Takahashi, F., Mizoguchi, T ., Yoshida, R ., Ichimura, K ., and Shinozaki, K .:
   "Calmodulin-Dependent Activation of MAP Kinase for ROS Homeostasis in Arabidopsis"
   Molecular Cell 41 , 649-660 (2011).
2. Mochida, K ., Yoshida, T ., Sakurai, T .,Yamaguchi-Shinozaki, K., Shinozaki, K ., and Tran, L.S.P.:
   "In Silico Analysis of Transcription Factor Repertoires and Prediction of Stress-Responsive Transcription Factors from Six Major Gramineae Plants"
   DNA Res. 18 , 321-332 (2011).
3. Mochida, K ., and Shinozaki, K .:
   "Advances in Omics and Bioinformatics Tools for Systems Analyses of Plant Functions"
   Plant Cell Phys. 52, 2017-2038 (2011).
4. Himuro, Y., Tanaka, H., Hashiguchi, M., Ichikawa, T., Nakazawa, M., Seki, M., Fujita, M., Shinozaki, K., Matsui, M., Akashi, R., and Hoffmann, F.:
   "FOX-superroots of Lotus corniculatus, overexpressing Arabidopsis full-length cDNA, show stable variations in morphological traits"
   J. Plant Physiol. 168, 181-187 (2011).
5. Kazama, Y, Ma, L, Hirano, T, Ohbu, S, Shirakawa, Y, Hatakeyama, S, Tanaka, S., and Abe, T.:
   "Rapid evaluation of effective linear energy transfer in heavy ion utagenesis of Arabidopsis thaliana"
   Plant Biotechnol. 29, 440-444 (2012).
6. Ogata, Y., Chikayama, E., Morioka, Y., Everroad, R.C., Shino, A., Matsushima, A., Haruna, H., Moriya, S., Toyoda, T., and Kikuchi, J.:
   "ECOMICS: A web-based toolkit for investigating the biomolecular web in ecosystems using a trans-omics approach"
   PLoS ONE 7, e30263 (2012).
7. Okushita, K., Komatsu, T., Chikayama, E., and Kikuchi, J.:
   "Statistical approach for solid-state NMR spectra of a cellulose derived from a series of variable parameters"
   Polymer J. 44: 895-900 (2012).
8. Utsumi, Y, Tanaka, M, Morosawa, T, Kurotani, A, Yoshida, T, Mochida, K, Matsui, A, Umemura, Y, Ishitani, M, Shinozaki, K, Sakurai, T. , and Seki, M.:
   "Transcriptome analysis using a high-density oligomicroarray under drought stress in various genotypes of cassava: an important tropical crop"
   DNA Res 19, 335-45 (2012).
9. Otagiri, M, Lopez, CM, Kitamoto, K, Arioka, M, Kudo, T., and Moriya, S.:
   "Heterologous Expression and Characterization of a Glycoside Hydrolase Family 45 endo-β-1,4-Glucanase from a Symbiotic Protist of the Lower Termite"
   Reticulitermes speratus Appl Biochem Biotechnol., in press (2013).
10. Mochida, K., Yoshida, T., Sakurai, T., Yamaguchi-Shinozaki, K., Shinozaki, K., and Tran, L.S. :
    "TreeTFDB: an integrative database of the transcription factors from six economically important tree crops for functional predictions and comparative and functional genomics"
    DNA Res, in press (2013)