研究紹介

ライフサイエンス技術基盤研究センター

大容量データ管理技術開発ユニット

ユニットリーダー 粕川 雄也 (Ph.D.)
粕川 雄也 (Ph.D.)

生命科学研究から生み出されるデータは膨大であり、応用研究の研究者は様々な基礎研究の成果を調査・収集するため逐一論文誌やデータベースを検索することが次第に困難となっています。本ユニットでは、日々生み出される大量の次世代シーケンサーデータなどに対応するため、大規模データセットを解析し比較するためのツールを開発し、適切なコンピュータ環境のセットアップを行います。これにより、応用研究の対象テーマを選択・検討するために必要な基礎研究成果や、その付加情報の入手を容易にし、応用研究への橋渡しを支援します。

研究分野

工学 / 生物学 & 生化学 / 分子生物 & 遺伝学 / コンピューター科学

研究テーマ

  • 大規模な生命科学データを効率的に管理するための技術開発
  • 大規模データに対するデータ解析技術開発
  • 生命科学データベース構築技術開発

主要論文

  1. *Kasukawa, T., Sugimoto, S., Hida, A., Minami, Y., Mori, M., Honma, S., Honma, K., Mishima, K., Soga, T., and Ueda, H.R.:
    "Human blood metabolite timetable indicates internal body time"
    Proc Natl Acad Sci U S A. 109 (37), 15036-15041 (2012).
  2. *Kasukawa, T., Masumoto, K., Nikaido, I., Nagano, M., Uno, K.D., Tsujino, K., Hanashima, C., Shigeyoshi, Y., and Ueda, H.R.:
    "Quantitative Expression Profile of Distinct Functional Regions in the Adult Mouse Brain"
    PLoS ONE 6(8), e23228 (2011).
  3. *Ukai-Tadenuma, M., Kasukawa, T., and Ueda, H.R.:
    "Proof-by-synthesis of the transcriptional logic of mammalian circadian clocks"
    Nat Cell Biol. 10, 1154-1163, (2008).
  4. *Maeda, N., Kasukawa, T., Oyama, R., Gough, J., Frith, M., Engstrom, P.G., Lenhard, B., Aturaliya, R.N., Batalov, S., Beisel, K.W., Bult, C.J., Fletcher, C.F., Forrest, A., Furuno, M., Hill, D., Itoh, M., Kanamori-Katayama, M., Katayama, S., Katoh, M., Kawashima, T., Quackenbush, J., Ravasi, T., Ring, B.Z., Shibata, K., Sugiura. K., Takenaka, Y., Teasdale, R.D., Wells, C.A., Zhu, Y., Kai, C., Kawai, J., Hume, D.A., Carninci, P., and Hayashizaki, Y.:
    "Transcript annotation in FANTOM3: mouse gene catalog based on physical cDNAs"
    PLoS Genet. 2 (4), e62, (2006).
  5. *The FANTOM Consortium and RIKEN Genome Exploration Research Group and Genome Science Group (Genome Network Project Core Group):
    "The Transcriptional Landscape of the Mammalian Genome",
    Science 309, 1559-1563, (2005).
  6. *RIKEN Genome Exploration Research Group and Genome Science Group (Genome Network Project Core Group) and the FANTOM Consortium:
    "Antisense Transcription in the Mammalian Transcriptome"
    Science 309, 1564-1566, (2005).
  7. *Kasukawa, T., Katayama, S., Kawaji, H., Suzuki, H., Hume D.A., and Hayashizaki., Y:
    "Construction of representative transcript and protein sets of human, mouse, and rat as a platform for their transcriptome and proteome analysis"
    Genomics 84, 913-921 (2004).
  8. *Kasukawa, T., Furuno, M., Nikaido, I., Bono, H., Hume, D.A., Bult, C., Hill, D.P., Baldarelli, R., Gough, J., Kanapin, A., Matsuda, H., Schriml, L.M., Hayashizaki, Y., Okazaki, Y., and Quackenbush, J.:
    "Development and Evaluation of an Automated Annotation Pipeline and cDNA Annotation System"
    Genome Res. 13, 1542-1551 (2003).
  9. *The FANTOM Consortium and The RIKEN Genome Exploration Research Group Phase I & II Team:
    "Analysis of the mouse transcriptome based on functional annotation of 60,770 full-length cDNAs"
    Nature 420, 563-573 (2002).