研究紹介

ライフサイエンス技術基盤研究センター

ゲノミクス微量技術開発ユニット

ユニットリーダー PLESSY Charles (Ph.D.)
PLESSY Charles (Ph.D.)

初代培養細胞や組織から単離した細胞塊は、生体由来の研究試料としてよく用いられます。当ユニットは、このような生体由来の細胞群を、特定のトランスクリプトームを持った単一細胞の集団として捉える“population transcriptomics”を提案します。“population transcriptomics”は、バイオマーカーの発見や検出精度の向上に貢献し、投薬治療の評価手法や細胞変換の研究をより厳密なものにします。

研究分野

分子生物 & 遺伝学 / 免疫学 / 神経科学 & 行動科学

研究テーマ

  • 単一細胞のpopulation transcriptomics
  • 定量的な配列決定技術
  • T細胞受容体および抗体分子の高スループット配列解析

主要論文

  1. Population transcriptomics with single-cell resolution: a new field made possible by microfluidics: a technology for high throughput transcript counting and data-driven definition of cell types.
    Plessy C, Desbois L, Fujii T, Carninci P.
    Bioessays. 2013 Feb;35(2):131-40. Epub 2012 Dec 27.
    PMID: 23281054 (review article)
  2. Suppression of artifacts and barcode bias in high-throughput transcriptome analyses utilizing template switching.
    Tang DT, Plessy C, Salimullah M, Suzuki AM, Calligaris R, Gustincich S, Carninci P.
    Nucleic Acids Res. 2013 Feb 1;41(3):e44. Epub 2012 Nov 24.
    PMID: 23180801
  3. Promoter architecture of mouse olfactory receptor genes.
    Plessy C, Pascarella G, Bertin N, Akalin A, Carrieri C, Vassalli A, Lazarevic D, Severin J, Vlachouli C, Simone R, Faulkner GJ, Kawai J, Daub CO, Zucchelli S, Hayashizaki Y, Mombaerts P, Lenhard B, Gustincich S, Carninci P.
    Genome Res. 2012 Mar;22(3):486-97. Epub 2011 Dec 22.
    PMID: 22194471
  4. Linking promoters to functional transcripts in small samples with nanoCAGE and CAGEscan.
    Plessy C, Bertin N, Takahashi H, Simone R, Salimullah M, Lassmann T, Vitezic M, Severin J, Olivarius S, Lazarevic D, Hornig N, Orlando V, Bell I, Gao H, Dumais J, Kapranov P, Wang H, Davis CA, Gingeras TR, Kawai J, Daub CO, Hayashizaki Y, Gustincich S, Carninci P.
    Nat Methods. 2010 Jul;7(7):528-34. Epub 2010 Jun 13.
    PMID: 20543846
  5. Tunable fractionation of nucleic acids.
    Salimullah M, Kato S, Murata M, Kawazu C, Plessy C, Carninci P.
    Biotechniques. 2009 Dec;47(6):1041-3.
    PMID: 20041857
  6. High-throughput verification of transcriptional starting sites by Deep-RACE.
    Olivarius S, Plessy C, Carninci P.
    Biotechniques. 2009 Feb;46(2):130-2.
    PMID: 19317658