ゲノムデータ解析アルゴリズム開発ユニット

次世代シーケンサーによって遺伝子データの取得能力が飛躍すると、その後の解析作業も膨大なものとなります。当ユニットは、大量の遺伝子配列を解析する機械学習法の開発・応用を行うため、データ処理、計算処理としてのデータ管理、機能注釈、の3つの分野におけるアルゴリズムの開発に取り組みます。

研究分野

分子生物 & 遺伝学 / コンピューター科学 / 学際研究

研究テーマ

• 配列解析のためのアルゴリズム開発
• 機械学習によるアプローチ

主要論文

1. ENCODE Project Consortium
   "An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome"
   Nature, Vol. 489, No. 7414. (2012)
2. S Djebali, CA Davis, A Merkel, A Dobin, T Lassmann, A Mortazavi, A Tanzer, J ...
   "Landscape of transcription in human cells."
   Nature 489 (7414), 101-108 (2012)
3. T Lassmann, Y Hayashizaki, CO Daub
   "SAMStat: monitoring biases in next generation sequencing data"
   Bioinformatics 27 (1), 130 (2011)
4. Y Maida, M Yasukawa, M Furuuchi, T Lassmann, R Possemato, N Okamoto, V Kasim ...
   "An RNA-dependent RNA polymerase formed by TERT and the RMRP RNA"
   Nature 461 (7261), 230-235 (2009)
5. H Suzuki, ARR Forrest, E van Nimwegen, CO Daub, PJ Balwierz, KM Irvine, T Lassmann ...
   "The transcriptional network that controls growth arrest and differentiation in a human myeloid leukemia cell line"
   Nature genetics 41 (5), 553-562 (2009)
6. *T Lassmann, Y Hayashizaki, CO Daub
   "TagDust—a program to eliminate artifacts from next generation sequencing data"
   Bioinformatics 25 (21), 2839 (2009)
7. *JA Timmons, K Wennmalm, O Larsson, TB Walden, T Lassmann, N Petrovic, DL ...
   "Myogenic gene expression signature establishes that brown and white adipocytes originate from distinct cell lineages"
   Proceedings of the National Academy of Sciences 104 (11), 4401 (2007)
8. *T Lassmann, E Sonnhammer
   "Kalign–an accurate and fast multiple sequence alignment algorithm"
   BMC bioinformatics 6 (1), 298 (2005)
9. *T Lassmann, ELL Sonnhammer
   "Quality assessment of multiple alignment programs"
   FEBS letters 529 (1), 126-130, 149 (2002)