情報解析技術室

最近のゲノム解析の進展により、遺伝子、タンパク質、細胞、個体にいたる様々な研究材料（バイオリソース）が生まれ、それに付随する情報も材料と同様に急速に増加しています。バイオリソースの付随情報は、研究目的に適った材料を選び活用する上で必要不可欠なものです。 情報量の増加にともない、必要な情報を必要な時すぐに探し出せるよう整備することが、ますます重要になってきています。情報解析技術室では、理研BRCが収集/維持/保存/提供しているバイオリソースを中心に、国内外の関連機関が保有するバイオリソースに関する所在情報ならびに特性情報を収集し、データベース化し、国内外のデータベースと連携したシステムを構築・運用しています。また、収集した情報をウェブカタログなどのバイオデジタルコンテンツとして公開することにより、バイオリソースを利用するために必要な情報を研究者コミュニティーに提供し、ライフサイエンスにおける研究基盤形成の一翼を担うことをめざしています。さらに、多くのバイオリソースに関する情報の中から生物学的に有意義な情報を抽出するための新しい情報解析技術の開発を行っています。

研究テーマ

• リソース情報の収集・管理とデータベース開発・運用
• データベースや検索システムをとおしたリソース情報提供
• リソース入手を簡便にするためのシステム開発・運用
• リソースデータベース統合のための技術開発
• リソース情報解析のための技術開発

主要論文

1. Yoshino K, Iimura E, Saijo K, Iwase S, Fukami K, Ohno T, Obata Y, Nakamura Y.:
   "Essential role for gene profiling analysis in the authentication of human cell lines."
   Human Cell; 19(1): 43-48 (2006)
2. Amano K, Nakamura H, Numa H, Fukami-Kobayashi K, Nagamura Y, Ichikawa H, Natsuo Onodera N.:
   "Self-organizing clustering: non-hierarchical clustering for large scale DNA sequence data."
   IPSJ Transactions on Bioinformatics. 2007; 48(SIG5): 49-53.
3. Fukami-Kobayashi K, Minezaki Y, Tateno Y, Nishikawa K.:
   "A Tree of Life Based on Protein Domain Organizations."
   Mol Biol Evol. 2007; 24(5): 1181-1189.
4. The Rice Annotation Project (Itoh T et al.):
   "Curated Genome Annotation of Oryza sativa ssp. Japonica and Comparative Genome Analysis with Arabidopsis thaliana."
   Genome Res; 17 (2): 175-183 (2007)
5. Matsuya, A. et al. (35 authors)
   "Evola: Ortholog database of all human genes in H-InvDB with manual curation of phylogenetic trees."
   Nucleic Acids Res 36 (Database issue), D787-792 (2008).
6. Rice Annotation Project (Tanaka, T. et al.):
   "The Rice Annotation Project Database (RAP-DB): 2008 update."
   Nucleic Acids Res 36 (Database issue), D1028-1033 (2008).
7. Moriwaki K et al. (13 authors):
   "Unique Inbred Strain MSM/Ms Established from the Japanese Wild Mouse"
   Experimental Animals; 58 (2): 123-134 (2009)
8. Iida K, Fukami-Kobayashi K, Toyoda A, Sakaki Y, Kobayashi M, Seki M, Shinozaki K.:
   "Analysis of Multiple Occurrences of Alternative Splicing Events in Arabidopsis thaliana Using Novel Sequenced Full-Length cDNAs."
   DNA Research; 16: 155-164 (2009)
9. Yamazaki Y et al. (33 authors)
   "NBRP databases: databases of biological resources in Japan"
   Nucl. Acids Res.; 38: D26-D32 (2010)
10. Abe H, Narusaka Y, Sasaki I, Hatakeyama K, Shin-I S, Narusaka M, Fukami K, Matsumoto S, Kobayashi M.:
    "Development of Full-length cDNAs from Chinese Cabbage (Brassica rapa Subsp. pekinensis) and Identification of Marker Genes for Defence Response"
    DNA Research Vol.18 4 277-289 (2011)