研究紹介

情報基盤センター

統合データベース特別ユニット

ユニットリーダー 豊田 哲郎 (Ph.D.)
豊田 哲郎 (Ph.D.)

ライフサイエンス分野で生産される膨大なデータを統合的に解析し、より高度な科学的発見を戦略的に生み出すための情報科学研究を推進することで、生命の総合的な理解を深めます。さらに、将来重要となる『ゲノム設計学』を新たに開拓し、人類の様々な問題を解決するための生命情報基盤を提供します。これからのライフサイエンス研究においては、日々新たに生産される膨大なデータを既存データと合わせて統合解析することが不可欠です。生命情報基盤研究部門では、この既存／新規データを整理し共有するためのデータベース公開基盤を提供することで公開データ利用における利便性を向上させると共に、永続性を担保します。さらにこれを基盤とするデータの大規模な統合解析によって生物学的な機能の解明、およびゲノム設計を行うためのインフォマティクス研究を推進します。

研究テーマ

  • 生命科学研究に役立つ新しいインフォマティクス技術の開発研究
  • 網羅的な実験データを統合的に解析する研究
  • データベース基盤の外部利用者への開放
  • データ連携統合化技術の開発

主要論文

  1. Hanada, K, Higuchi-Takeuchi, M, Okamoto, M, Yoshizumi, T, Shimizu, M, Nakaminami, K, Nishi, R, Ohashi, C, Iida, K, Tanaka, M, Horii, Y, Kawashima, M, Matsui, K, Toyoda, T, Shinozaki, K, Seki, M, Matsui, M (2013). 'Small open reading frames associated with morphogenesis are hidden in plant genomes.', Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 110, 2395-2400.
  2. Ogata, Y, Chikayama, E, Morioka, Y, Everroad, RC, Shino, A, Matsushima, A, Haruna, H, Moriya, S, Toyoda, T, Kikuchi, J (2012). 'ECOMICS: a web-based toolkit for investigating the biomolecular web in ecosystems using a trans-omics approach.', PLoS ONE, 7, e30263.
  3. Itoh, Y, Moriyama, Y, Hasegawa, T, Endo, TA, Toyoda, T, Gotoh, Y (2013). 'Scratch regulates neuronal migration onset via an epithelial-mesenchymal transition-like mechanism.', Nat. Neurosci., doi:10.1038/nn.3336.
  4. Nakajima-Takagi, Y, Osawa, M, Oshima, M, Takagi, H, Miyagi, S, Endoh, M, Endo, TA, Takayama, N, Eto, K, Toyoda, T, Koseki, H, Nakauchi, H, Iwama, A (2013). 'Role of SOX17 in hematopoietic development from human embryonic stem cells.', Blood, 121, 447-58.
  5. Endoh, M, Endo, TA, Endoh, T, Isono, K, Sharif, J, Ohara, O, Toyoda, T, Ito, T, Eskeland, R, Bickmore, WA, Vidal, M, Bernstein, BE, Koseki, H (2012). 'Histone H2A mono-ubiquitination is a crucial step to mediate PRC1-dependent repression of developmental genes to maintain ES cell identity.', PLoS Genet., 8, e1002774.
  6. Kurihara, Y, Schmitz, RJ, Nery, JR, Schultz, MD, Okubo-Kurihara, E, Morosawa, T, Tanaka, M, Toyoda, T, Seki, M, Ecker, JR (2012). 'Surveillance of 3' Noncoding Transcripts Requires FIERY1 and XRN3 in Arabidopsis.', G3 (Bethesda), 2, 487-498.
  7. Kawaguchi, S, Iida, K, Harada, E, Hanada, K, Matsui, A, Okamoto, M, Shinozaki, K, Seki, M, Toyoda, T (2012). 'Positional correlation analysis improves reconstruction of full-length transcripts and alternative isoforms from noisy array signals or short reads.', Bioinformatics, 28, 929-937.
  8. Endo, A, Tatematsu, K, Hanada, K, Duermeyer, L, Okamoto, M, Yonekura-Sakakibara, K, Saito, K, Toyoda, T, Kawakami, N, Kamiya, Y, Seki, M, Nambara, E (2012). 'Tissue-specific transcriptome analysis reveals cell wall metabolism, flavonol biosynthesis and defense responses are activated in the endosperm of germinating Arabidopsis thaliana seeds.', Plant Cell Physiol., 53, 16-27.
  9. Baerenfaller K, Bastow R, Beynon J, Brady S, Brendel V, Donaldson S, Forster M, Gifford D, Grotewold E, Gutierrez R, Huala E, Jaiswal P, Joshi H, Kersey P, Liu L, Loraine A, Lyons E, May S, Mayer K, MacLean D, Meyers B, Mueller L, Muller R, Muller H.M, Ouellette F, Pires J.C, Provart N, Staiger D, Stanzione D, Taylor J, Taylor C, Town, C.J. Toyoda T, Vaughn M, Walsh S, Ware D, Weckwerth W. 'Taking the Next Step: Building an Arabidopsis Information Portal' Plant Cell 24: 2248-56(2012)