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生体分子機能研究室
林崎 良英
主任研究員
林崎 良英 (M.D., Ph.D.)
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研究室プロフィール

当研究室は、Functional Genomicsを理解するための基礎的な技術開発と遺伝子資源探索を進めてきました。その発展的活動であるマウスエンサイクロペディアプロジェクトは平成10年10月に発足したゲノム科学総合研究センター・遺伝子構造・機能研究グループに引き継がれ、現在当研究室ではより希少な発現遺伝子を網羅的に収集するための完全長cDNAライブラリー作成の技術開発・改良を行っています。例えば異なる機能をもつタンパク質を作り出す選択的スプライシングの解析技術、未知の遺伝子超長鎖mRNA(疾患遺伝子の多くが長鎖遺伝子)の収集技術、転写開始点を収集する技術の開発を中心に行っています。これら基礎技術は、疾患遺伝子の発見、創薬のターゲットとなる遺伝子の発見にも寄与し、産業化へも大きく貢献できます。また、これら開発した技術をもとに国内外の様々な研究機関と多くの共同研究を行っています。なかでも、遺伝子構造・機能研究グループとの共同研究であるゲノムネットワークプロジェクトにおいては、その基盤となるデータの網羅的創出を目指し、当研究室で開発された転写開始点解析技術をハイスループット化し、転写開始点、発現制御エレメントの網羅的収集並びに解析に大きく貢献しています。

研究テーマ

  1. 完全長cDNAライブラリー作成法の開発
  2. Alternative Splicingの解析
  3. 遺伝子機能解析技術の開発
  4. ナノレゴの開発

関連リンク

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主要論文

  1. Mitani, Y., Lezhava, A., Kawai, Y., Kikuchi, T., Oguchi-Katayama, A., Kogo, Y., Itoh, M., Miyagi, T., Takakura, H., Hoshi, K., Kato, C., Arakawa, T., Shibata, K., Fukui, K., Masui, R., Kuramitsu, S., Kiyotani, K., Chalk, A., Tsunekawa, K., Murakami, M., Kamataki, T., Oka, T., Shimada, H., Cizdziel, PE., and Hayashizaki, Y.:
    "Rapid SNP diagnostics using asymmetric isothermal amplification and a new mismatch-suppression technology."
    Nat Methods. 4(3), 257-262 (2007).
  2. Carninci, P., Sandelin, A., Lenhard, B., Katayama, S., Shimokawa, K., Ponjavic, J., Semple, CA., Taylor, MS., Engstrom, PG,, Frith, MC., Forrest, AR., Alkema, WB., Tan, SL., Plessy, C., Kodzius, R., Ravasi, T., Kasukawa, T., Fukuda, S., Kanamori-Katayama, M., Kitazume, Y., Kawaji, H., Kai, C., Nakamura, M., Konno, H., Nakano, K., Mottagui-Tabar, S., Arner, P., Chesi, A., Gustincich, S., Persichetti, F., Suzuki, H., Grimmond, SM., Wells, CA., Orlando, V., Wahlestedt, C., Liu, ET., Harbers, M., Kawai, J., Bajic, VB., Hume, DA., and Hayashizaki, Y.:
    "Genome-wide analysis of mammalian promoter architecture and evolution."
    Nat Genet, 38, 626-635 (2006).
  3. The FANTOM Consortium, RIKEN Genome Exploration Research Group and Genome Science Group (Genome Network Project Core Group):
    "The Transcriptional Landscape of the Mammalian Genome."
    Science, 309, 1559-1563 (2005).
  4. RIKEN Genome Exploration Research Group and Genome Science Group (Genome Network Project Core Group) and the FANTOM Consortium:
    "Antisense Transcription in the Mammalian Transcriptome."
    Science, 309, 1564-1566 (2005).
  5. Shiraki, T., Kondo, S., Katayama, S., Waki, K., Kasukawa, T., Kawaji, H., Kodzius, R., Watahiki, A., Nakamura, M., Arakawa, T., Fukuda, S., Sasaki, D., Podhajska, A., Harbers, M., Kawai, J., Carninci, P., and Hayashizaki, Y.:
    "Cap analysis gene expression for high-throughput analysis of transcriptional starting point and identification of promoter usage."
    Proc Natl Acad Sci USA100, 15776-15781 (2003).
  6. The FANTOM Consortium and The RIKEN Genome Exploration Research Group Phase I & II Team:
    "Analysis of the mouse transcriptome based on functional annotation of 60,770 full-length cDNA."
    Nature, 420, 563-573 (2002).
  7. The RIKEN Genome Exploration Research Group Phase II Team and the FANTOM Consortium:
    "Functional annotation of 21,076 sequenced mouse cDNAs prepared from full-length enriched libraries."
    Nature, 409, 685-690 (2001).

メンバー

主宰者

林崎 良英
主任研究員

スタッフ研究員

河合 純
副主任研究員
Piero CARNINCI
先任研究員
伊藤 昌可
先任研究員
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