研究室の紹介
バイオ解析チーム
堂前 直
チームヘッド
堂前 直 (Ph.D.)
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研究室プロフィール

バイオ解析チームは、生命現象の解明に向け、生体分子の構造解析法の開発や構造解析を用いた応用研究を行っています。生体成分の中でも特にタンパク質は生命現象の源であり、さまざまな生物活性を持っています。そのタンパク質の構造を調べることで、活性を生じる遺伝子が判明します。さらに詳細に構造解析することで、生物学的活性のメカニズムや活性の制御機構について重要な知見が得られます。これら生体分子の解析のための新しい手法や装置の開発および導入を行い、装置ならびに設備の設置や管理、解析方法に関する情報の整備をすることで研究支援を行っています。質量分析法の発達やデータベースの充実、検索プログラムの発展に伴い微量成分の同定方法は容易になりつつあります。これに反して、定性的なデータベース検索以外の解析は大変困難です。これを打開するため発展著しい質量分析による構造解析に加え、化学的手法をも併用し、新規な修飾や未知の配列に対応できる詳細な構造解析や微量定量解析の開発と応用研究に取り組んでいます。さらに高次構造解析にも力を注いでいます。現在、種々の質量分析計、プロテインシークエンサー、生体高分子用のX線回折装置、及び分析用超遠心装置を管理し共用できるように整備し、さらに播磨研究所研究技術開発室と連携してSPring-8の遠隔測定支援システム和光地区の窓口業務を行っています。

研究テーマ

  1. 生体分子の翻訳後修飾を含めた詳細な構造解析
  2. 生体分子の定量的解析法の開発
  3. 3次元構造に基づく構造生物学およびその関連技術の研究開発
  4. RNAの質量分析

関連リンク

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プレスリリース・研究成果

2010年10月06日
固定化した酸を使ったタンパク質自動加水分解装置を初めて開発
−熟練技術に頼っていたタンパク質分析の自動化に貢献−
2007年04月16日
細胞内ストレスを利用して収縮する筋細胞を作る
- 「善玉」ストレスの効用を実証 -新しいウィンドウが開きます。

RIKEN RESEARCH

2007年10月19日
筋肉作りのよりよい方法?
筋肉の形成について新たな事実が得られ、より効果的な組織移植法の開発に役立つ可能性が出てきた 新しいウィンドウが開きます。
 

主要論文

  1. Nishimasu H, Okudaira S, Hama K, Mihara E, Dohmae N, Inoue A, Ishitani R, Takagi J, Aoki J, Nureki O.:
    "Crystal structure of autotaxin and insight into GPCR activation by lipid mediators."
    Nat Struct Mol Biol., 18(2):205-12 (2011)
  2. Hamamoto R, Cho HS, Suzuki T, Dohmae N, Hayami S, Unoki M, Yoshimatsu M, Toyokowa G, Takawa M, Chen T, Kurash JK, Field H, Ponder BA, Nakamura Y.:
    "Demethylation of RB regulator MYPT1 by histone demethylase LSD1 promotes cell cycle progression in cancer cells."
    Cancer Res., 71(3):655-60 (2011)
  3. Masuda A, Dohmae N.:
    "Automated Protein Hydrolysis Delivering Sample to a Solid Acid Catalyst for Amino Acid Analysis."
    Anal Chem. , 82(21), 8939-45(2010)
  4. Kuraishi T, Nakagawa Y, Nagaosa K, Hashimoto Y, Ishimoto T, Moki T, Fujita Y, Nakayama H, Dohmae N, Shiratsuchi A, Yamamoto N, Ueda K, Yamaguchi M, Awasaki T, Nakanishi Y.:
    "Pretaporter, a Drosophila protein serving as a ligand for Draper in the phagocytosis of apoptotic cells."
    EMBO J., 28(24):3868-78 (2009)
  5. Arakawa T, Kawano Y, Katayama Y, Nakayama H, Dohmae N, Yohda M, Odaka M.:
    "Structural Basis for Catalytic Activation of Thiocyanate Hydrolase Involving Metal-Ligated Cysteine Modification."
    J Am Chem Soc., 131(41):14838-43 (2009)
  6. Nishimura K, Okudaira H, Ochiai E, Higashi K, Kaneko M, Ishii I, Nishimura T, Dohmae N, Kashiwagi K, Igarashi K.:
    "Identification of proteins whose synthesis is preferentially enhanced by polyamines at the level of translation in mammalian cells."
    Int J Biochem Cell Biol., 41(11):2251-61 (2009)
  7. Nakayama H, Akiyama M, Taoka M, Yamauchi Y, Nobe Y, Ishikawa H, Takahashi N, Isobe T.:
    "Ariadne: a database search engine for identification and chemical analysis of RNA using tandem mass spectrometry data."
    Nucleic Acids Res., 37(6):e47 (2009)
  8. Kurokawa K, Lee H, Roh KB, Asanuma M, Kim YS, Nakayama H, Shiratsuchi A, Choi Y, Takeuchi O, Kang HJ, Dohmae N, Nakanishi Y, Akira S, Sekimizu K, Lee BL.:
    "The Triacylated ATP Binding Cluster Transporter Substrate-binding Lipoprotein of Staphylococcus aureus Functions as a Native Ligand for Toll-like Receptor 2."
    J Biol Chem., 284(13):8406-11 (2009)
  9. Tsukazaki T, Mori H, Fukai S, Ishitani R, Mori T, Dohmae N, Perederina A, Sugita Y, Vassylyev DG, Ito K, Nureki O.:
    "Conformational transition of Sec machinery inferred from bacterial SecYE structures."
    Nature, 455(7215):988-91 (2008)
  10. Kawatani M, Okumura H, Honda K, Kanoh N, Muroi M, Dohmae N, Takami M, Kitagawa M, Futamura Y, Imoto M, Osada H.:
    "The identification of an osteoclastogenesis inhibitor through the inhibition of glyoxalase I."
    Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 105(33):11691-6 (2008)

メンバー

主宰者

堂前 直
チームヘッド

スタッフ研究員

森島 信裕
専任研究員
宮武 秀行
専任研究員
中山 洋
専任研究員
渡邊 剛
専任技師
鈴木 健裕
技師

ポスドク

益田 晶子
基幹研究所技師