NMRパイプライン高度化研究チーム
チームリーダー木川 隆則 (Ph.D.)
NMR法を用いた生命分子の立体構造解析に関して、独自開発の無細胞タンパク質合成技術を核とした試料調製技術の開発、NMR構造解析技術の開発、更にそれらを有機的に組み合わせNMR法による解析を効率よく進める技術基盤で「NMR立体構造解析パイプライン」を構築して高度化し、多数の生命分子から構成されるシステムを、高次構造レベルから解明することを目指して、分子間相互作用の解析を含めた構造生物学研究を進めています。開発した技術に関しては、積極的に特許申請・取得して、企業等への技術提供を進めており、無細胞タンパク質合成技術やNMRデータ解析ソフトウェアは既に市販化されています。
- 研究技術基盤としてのNMRパイプラインの提供と高度化
- 無細胞合成技術を核としたタンパク質試料調製技術の開発
- 生命分子複合体の解析を目指したNMR構造解析技術の開発
- ケミカルバイオロジー研究や創薬研究のための生命分子・リガンド間相互作用の解析
- 計算科学的手法を活用した複雑生命分子システム系の統合的理解と最適化
- Kigawa, T., Yabuki, T., Yoshida, Y., Tsutsui, M., Ito, Y., Shibata, T.,and Yokoyama, S.:
"Cell-free production and stable-isotope labeling of milligram quantities of proteins."
FEBS Lett. 442, 15-19 (1999) - Kigawa, T., Yabuki, T., Matsuda, N., Matsuda, T., Nakajima, R., Tanaka, A.,and Yokoyama, S.:
"Preparation of Escherichia coli cell extract for highly productive cell-free protein expression."
J. Struct. Funct. Genomics 5, 63-68 (2004) - Saito, K., Kigawa, T., Koshiba, S., Sato, K., Matsuo, Y., Sakamoto, A., Takagi, T., Shirouzu, M., Yabuki, T., Nunokawa, E., Seki, E., Matsuda, T., Aoki, M., Miyata, Y., Hirakawa, N., Inoue, M., Terada, T., Nagase, T., Kikuno, R., Nakayama, M., Ohara, O., Tanaka, A.,and Yokoyama, S.:
"The CAP-Gly Domain of CYLD Associates with the Proline-Rich Sequence in NEMO/IKKgamma."
Structure 12, 1719-1728 (2004) - Tochio, N., Umehara, T., Koshiba, S., Inoue, M., Yabuki, T., Aoki, M., Seki, E., Watanabe, S., Tomo, Y., Hanada, M., Ikari, M., Sato, M., Terada, T., Nagase, T., Ohara, O., Shirouzu, M., Tanaka, A., Kigawa, T.,and Yokoyama, S.:
"Solution structure of the SWIRM domain of human histone demethylase LSD1."
Structure 14, 457-468 (2006) - Kobayashi, N., Iwahara, J., Koshiba, S., Tomizawa, T., Tochio, N., Guntert, P., Kigawa, T.,and Yokoyama, S.:
"KUJIRA, a package of integrated modules for systematic and interactive analysis of NMR data directed to high-throughput NMR structure studies."
J. Biomol. NMR 39, 31-52 (2007) - Yabuki, T., Motoda, Y., Hanada, K., Nunokawa, E., Saito, M., Seki, E., Inoue, M., Kigawa, T.,and Yokoyama, S.:
"A robust two-step PCR method of template DNA production for high-throughput cell-free protein synthesis."
J. Struct. Funct. Genomics 8, 173-191 (2007) - Li, H., Koshiba, S., Hayashi, F., Tochio, N., Tomizawa, T., Kasai, T., Yabuki, T., Motoda, Y., Harada, T., Watanabe, S., Inoue, M., Hayashizaki, Y., Tanaka, A., Kigawa, T.,and Yokoyama, S.:
"tructure of the C-terminal phosphotyrosine interaction domain of Fe65L1 complexed with the cytoplasmic tail of amyloid precursor protein reveals a novel peptide binding mode."
J. Biol. Chem. 283, 27165-27178 (2008) - Seki, E., Matsuda, N., Yokoyama, S.,and Kigawa, T.:
"Cell-free protein synthesis system from Escherichia coli cells cultured at decreased temperatures improves productivity by decreasing DNA template degradation."
Anal. Biochem. 377, 156-161 (2008) - Arai, H., Watanabe, S., Kigawa, T.,and Yamamura, M.:
"A new modeling method in feature construction for the HSQC spectra screening problem."
Bioinformatics 25, 948-953 (2009) - Aoki, M., Matsuda, T., Tomo, Y., Miyata, Y., Inoue, M., Kigawa, T.,and Yokoyama, S.:
"Automated system for high-throughput protein production using the dialysis cell-free method."
Protein Expr. Purif. 68, 128-136 (2009)