研究室の紹介
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合成生物学研究グループ
上田 泰己
グループディレクター
上田 泰己
(M.D., Ph.D.)
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研究室プロフィール

分子生物学やゲノム科学の急速な進展により、生体分子の種類や分子間のネットワークに関する情報が飛躍的に増加し、生命科学研究は還元論的アプローチから、生命の部品を組み合わせて生命現象を再現・設計する構成論的アプローチへのパラダイムシフトが起こりつつあります。合成生物学(構成生物学)が新しい生命科学研究の領域として認識されつつある一方で、遺伝子やタンパク質などの生命の部品を調整・設計・制御し、生命を創るための技術は十分確立されていません。細胞デザインコア・合成生物学研究グループでは、このような状況を鑑み、概日時計をモデル系として生命システムの制御および設計の先見的な実現例を示すとともに、センター内外での密な共同研究を通して合成生物学の基盤テクノロジーを開発することを目指します。

研究テーマ

  1. 蛋白質動態の解析に基づいた蛋白質活性制御化合物および新規機能蛋白質の設計
  2. 概日時計をモデルとした蛋白質複合体の設計
  3. 遺伝子ネットワーク改変技術の開発
  4. 生命機能のデザインと構築に向けた新規遺伝子合成システムの開発
  5. 1細胞レベルでの蛋白質ネットワークの構築および動態測定

関連リンク

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プレスリリース・研究成果

2012年10月19日
単純な生化学反応から自律振動子を作る仕組みを解明
−タンパク質で構成された、細胞内で働く「人工時計」の設計指針に−
2011年08月05日
環境分子が生体分子に与える影響を解析する計算手法「DIPA」を開発
−タンパク質などの生体分子が機能するメカニズムを体系的に理解−

主要論文

  1. Ukai-Tadenuma, M., Yamada, R.G., Xu, H., Ripperger, J.A., Liu, A.C., Ueda, H.R.:
    "Delay in Feedback Repression by Cryptochrome 1 Is Required for Circadian Clock Function."
    Cell, in press.
  2. Ukai, H., Ueda, H.R.:
    "Systems Biology of Mammalian Circadian Clocks."
    Annu. Rev. Physiol. 72, 579-603 (2010).
  3. Isojima, Y., Nakajima, M., Ukai, H., Fujishima, H., Yamada, R.G., Masumoto, K., Kiuchi, R., Ishida, M., Ukai-Tadenuma, M., Minami, Y., Kito, R., Nakao, K., Kishimoto, W., Yoo, S.H., Shimomura, K., Takao, T., Takano, A., Kojima, T., Nagai, K., Sakaki, Y., Takahashi, J.S., Ueda, H.R.:
    "CKI ε/δ-dependent phosphorylation is a temperature-insensitive, period-determining process in the mammalian circadian clock."
    Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 106 (37), 15744-15749 (2009).
  4. Koyama, Y.M., Kobayashi, T.J., Tomoda, S., Ueda, H.R.:
    "Perturbational formulation of principal component analysis in molecular dynamics simulation."
    Phys. Rev. E 78, 046702 (2008).
  5. Ukai-Tadenuma, M., Kasukawa, T., Ueda, H.R.:
    "Proof-by-synthesis of the transcriptional logic of mammalian circadian clocks."
    Nat. Cell Biol. 10, 1154-1163 (2008).
  6. Kumaki, Y., Ukai-Tadenuma, M., Uno, K.D., Nishio, J., Masumoto, K., Nagano, M., Komori, T., Shigeyoshi, Y., Hogenesch, J.B., Ueda, H.R.:
    "Analysis and synthesis of high-amplitude Cis-elements in the mammalian circadian clock."
    Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 105 (39), 14946-14951 (2008).
  7. Ukai, H., Kobayashi, T.J., Nagano, M., Masumoto, K., Sujino, M., Kondo, T., Yagita, K., Shigeyoshi, Y., Ueda, H.R.:
    "Melanopsin-dependent photo-perturbation reveals desynchronization underlying the singularity of mammalian circadian clocks."
    Nat. Cell Biol. 9 (11), 1327-34 (2007).

メンバー

主宰者

上田 泰己
グループディレクター

メンバー

鵜飼 英樹
研究員
池田 修司
研究員
田井中 一貴
研究員
中嶋 正人
研究員
小山 洋平
特別研究員
大出 晃士
特別研究員
松本 桂彦
特別研究員
篠原 雄太
大学院生リサーチ・アソシエイト
鳴海 良平
テクニカルスタッフT