メタシステム研究チーム
チームリーダー
Todd TAYLOR (Ph.D.)
メタシステム研究チームではヒトの健康および環境保全に関わる微生物コミュニティーから得られるメタゲノム配列データの解析および解析ツール開発を行っています。現在、メタゲノム配列データの高容量解析を行い、シークエンスデータおよび解析結果のデータベースを提供するMetaSysと呼ばれるソフトウェアパッケージを開発中です。同ソフトウェアは公共データベースにある全メタゲノムデータの包括的解析およびアノテーション（機能同定）ツールとなり得ます。iMetaSys開発以外にも、工業利用が見込まれる新酵素をメタゲノムデータから見つけ出すソフトウェアであるMetaBioME、メタゲノムおよび通常のゲノムデータに存在する遺伝子に対し機能情報を付加するソフトウェア、メタゲノムデータからの系統樹作成法、およびメタゲノムデータのアセンブリを行う解析法の開発に取り組んでいます。また、メタゲノムのみならず、バクテリア、原生生物を含む単独微生物のゲノム解析も行っています。我々の研究は、様々な環境下の全生物種の相互作用の評価、モデル化および予測を目指しています。
- ヒト腸内及び他組織におけるメタゲノム解析
- 高容量解析ツールおよびデータベースの開発・公開
- 微生物および他の種のゲノム配列解析
- Fukuda S., Toh H., Hase K., Oshima K., Nakanishi Y., Yoshimura K., Tobe T., Clarke J.M., Topping D.L., Suzuki T., Taylor T.D., Itoh K., Kikuchi J., Morita H., Hattori M., Ohno H.:
"Bifidobacteria can protect from enteropathogenic infection through production of acetate."
Nature 469 (7331), 543-547 (2011). - Prakash T., Sharma V.K., Adati N., Ozawa R., Kumar N., Nishida Y., Fujikake T., Takeda T., Taylor T.D.:
"Expression of conjoined genes: another mechanism for gene regulation in eukaryotes."
PLoS ONE 5 (10), 1-9 e13284 (2010). - Devi S.H., Taylor T.D., Avasthi T.S., Kondo S., Suzuki Y., Megraud F., Ahmed N.:
"The genome of Helicobacter pylori strain 908."
J. Bacteriol. 192 (24), 6488-6489 (2010). - Toh H., Oshima K., Toyoda A., Ogura Y., Ooka T., Sasamoto H., Park S.H., Iyoda S., Kurokawa K., Morita H., Itoh K., Taylor T.D., Hayashi T., Hattori M.:
"Complete genome sequence of the wild-type commensal Escherichia coli strain SE15, belonging to phylogenetic group B2."
J. Bacteriol. 192 (4), 1165-1166 (2010). - Sharma V.K., Kumar N., Prakash T., Taylor T.D.:
"MetaBioME: a database to explore commercially useful enzymes in metagenomic datasets."
Nucleic Acids Research 38 (Database), D468-D472 (2009). - Morita H., Toh H., Oshima K., Murakami M., Taylor T.D., Igimi S., Hattori M.:
"Complete genome sequence of the probiotic Lactobacillus rhamnosus ATCC 53103."
J. Bacteriol. 191 (24), 7630-7631 (2009). - Ogura Y., Ooka T., Iguchi A., Toh H., Asadulghani M., Oshima K., Kodama T., Abe H., Nakayama K., Kurokawa K., Tobe T., Hattori M., Hayashi T.:
"Comparative genomics reveal the mechanism of the parallel evolution of O157 and non-O157 enterohemorrhagic Escherichia coli."
Proc. Natl. Acad. Sci. USA 106 (42), 17939-17944 (2009). - Morita H., Shimazu M., Shiono H., Toh H., Nakajima F., Akita H., Takagi M., Takami H., Murakami M., Masaoka T., Tanabe S., Hattori M.:
"Lactobacillus equicursoris sp. nov., isolated from the faeces of a thoroughbred racehorse."
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 60 (1), 109-112 (2010). - Morita H., Nakano A., Shimazu M., Toh H., Nakajima F., Nagayama M., Hiramatsu S., Kato Y., Takagi M., Takami H., Akita H., Matsumoto M., Masaoka T., Murakami M.:
"Lactobacillus hayakitensis, L. equigenerosi and L. equi, predominant lactobacilli in the intestinal flora of healthy Thoroughbreds."
Animal Science Journal 80 (3), 339-346 (2009). - Hattori M., Taylor T.D.:
"The human intestinal microbiome: A new frontier of human biology."
DNA Research 16 (1), 1-12 (2009).
主宰者
- Todd Duane TAYLOR
- チームリーダー
メンバー
- Tulika Prakash SRIVASTAVA
- 研究員