生化学シミュレーション研究チーム
チームリーダー
高橋 恒一 (Ph.D.)
当チームでは、微生物から人体まで全ての生体の働きの基礎である細胞内生化学反応経路のシミュレーションを次世代の生命科学の基幹技術の一つととらえ、グリーン関数反応動力学法や微視格子反応拡散法など、1分子粒度の細胞計算手法、また細胞シミュレーション基盤ソフトウエアE-Cellの開発を行っています。
細胞がいかに細胞内の分子のゆらぎや分子混雑等を利用し生理学的応答や環境情報処理を最適化するのかは生物学上重要な問題の一つです。我々は細胞内信号伝達経路のシミュレーションを通してこの問いに答えようとしています。
- 生化学反応ネットワークのシミュレーション技術開発
- 細胞内信号伝達経路の時空間設計原理
- 細胞内巨大分子混雑下における酵素反応速度論
- E-Cell 細胞シミュレーションソフトウエア基盤
- K. Takahashi, S. Tanase-Nicola, P.R. ten Wolde.:
"Spatio-temporal correlations can drastically change the response of a MAPK pathway"
Proc. Natl Acad. Sci. USA, 107 2473-2478 (2010) - S. N. V. Arjunan and M. Tomita.:
"A new multicompartmental reaction-diffusion modeling method links transient membrane attachment of E. coli MinE to E-ring formation."
Syst. Synth. Biol., 4 35-53 (2010) - K. Takahashi, S.N.V. Arjunan, M. Tomita.:
"Space in Systems Biology of Signaling Pathways - towards intracellular molecular crowding in silico"
FEBS Lett., 579 1783-1788 (2005) - K. Takahashi, K. Kaizu, B. Hu, M. Tomita.:
"A multi-algorithm, multi-timescale method for cell simulation"
Bioinformatics 20, 538-546 (2004)
主宰者
- 高橋 恒一
- チームリーダー
メンバー
- 海津 一成
- 特別研究員
- Satya Nanda Vel ARJUNAN
- 特別研究員
- 渡部 匡己
- 特別研究員
- 岩本 一成
- 特別研究員
- 西田 孝三
- テクニカルスタッフⅠ