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- 基幹研究所
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- 筑波研究所
- バイオリソースセンター
- 播磨研究所
- 放射光科学総合研究センター
- 横浜研究所
- 植物科学研究センター
- ゲノム医科学研究センター
- 免疫・アレルギー科学総合研究センター
- オミックス基盤研究領域
- 生命分子システム基盤研究領域
- 生命情報基盤研究部門
- 新興・再興感染症研究ネットワーク推進センター
- 神戸研究所
- 発生・再生科学総合研究センター
- 分子イメージング科学研究センター
- 生命システム研究センター
- HPCI計算生命科学推進プログラム
- 社会知創成事業
- イノベーション推進センター
- 創薬・医療技術基盤プログラム
- バイオマス工学研究プログラム
- 次世代計算科学研究開発プログラム
- 計算科学研究機構
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