機能解析第1研究チーム
チームリーダー
新海 暁男 (Ph.D.)
一つの細胞は、タンパク質、DNA、脂質などの高分子物質、糖などの低分子物質、金属元素など、様々な物質から成り立っており、それらの物質が、ある制御下で機能することによって生命活動が営まれています。DNAが持つ生命活動のための基本情報は、RNAポリメラーゼによってmRNAに転写された後、生体物質の合成や分解、栄養素の細胞内への取り込みや不要物質の細胞外への排出などの機能を持つ様々なタンパク質が合成されます。細胞は、環境の変化や外部の刺激に応答するため、転写因子と呼ばれるタンパク質を介して転写の調節を行っています。当研究チームでは、高度好熱菌Thermus thermophilus HB8株をモデル生物として用い、各種転写因子の標的遺伝子や機能を分子生物学的、構造生物学的に明らかにすると共に、転写レベルの変化によって誘引される細胞の変化を、SPring-8ビームラインやXFELを用いたイメージング技術によって明らかにし、一つの細胞における基本的生命現象を”丸ごと一匹”イメージすることを目指しています。本菌株には、約500種類の機能未知遺伝子が残されているので、それらの機能を発見する手がかりを得るためにも各転写因子に調節されている遺伝子群の解明が急務であると考えています。
- Thermus thermophilus HB8株由来各種転写因子の構造と機能の解析
- 転写レベルの変化を細胞イメージングによって観測するための基礎研究
- 新奇ウイルス防御システム：CRISPR/Casシステムの分子イメージング
- 2009年04月03日
- 逆境に負けないための遺伝子
極限環境に生息する細菌が生命の危機を回避するためのマスタースイッチ
- Agari, Y., Kuramitsu, S., Shinkai, A.:
"Crystal structure of hypothetical protein TTHB210, controlled by the sigmaE/anti-sigmaE regulatory system in Thermus thermophilus HB8, reveals a novel homodecamer"
Proteins, 80, 958-962 (2012) - Sakamoto, K., Agari, Y., Kuramitsu, S., Shinkai, A.:
"Phenylacetyl-coenzyme A is an effector molecule of TetR family transcriptional repressor PaaR from Thermus thermophilus HB8"
J. Bacteriol., 193, 4388-4395 (2011) - Agari, Y., Agari, K., Sakamoto, K., Kuramitsu, S., Shinkai, A.:
"TetR family transcriptional repressor FadR controls fatty acid degradation"
Microbiology, 157, 1589-1601 (2011) - Sakamoto, K., Agari, Y., Agari, K., Kuramitsu, S., Shinkai, A.:
"Structural and functional characterization of transcriptional repressor CsoR from Thermus thermophilus HB8"
Microbiology, 156, 1993-2005 (2010) - Agari, Y., Sakamoto, K., Tamakoshi, M., Oshima, T., Kuramitsu, S., Shinkai, A.:
"Transcription profile of Thermus thermophilus CRISPR systems after phage infection"
J. Mol. Biol., 395, 270-281 (2010) - Sakamoto, K., Agari, Y., Agari, K., Yokoyama, S., Kuramitsu, S., Shinkai, A.:
"X-ray crystal structure of a CRISPR-associated RAMP superfamily protein, Cmr5, from Thermus thermophilus HB8"
Proteins, 75, 528-532 (2009) - Agari, Y., Yokoyama, S., Kuramitsu, S., Shinkai, A.:
"X-ray crystal structure of a CRISPR-associated protein, Cse2, from Thermus thermophilus HB8"
Proteins, 73, 1063-1067 (2008) - Agari, Y., Kashihara, A., Yokoyama, S., Kuramitsu, S., Shinkai, A.:
"Global gene expression mediated by Thermus thermophilus SdrP, a CRP/FNR family transcriptional regulator"
Mol. Microbiol., 70, 60-75 (2008) - Shinkai, A., Ohbayashi, N., Terada, T., Shirouzu, M., Kuramitsu, S., Yokoyama, S.:
"Identification of promoters recognized by RNA polymerase-sigmaE holoenzyme from Thermus thermophilus HB8"
J. Bacteriol., 189, 8758-8764 (2007) - Shinkai, A., Kira, S., Nakagawa, N., Kashihara, A., Kuramitsu, S., Yokoyama, S.:
"Transcription activation mediated by a cyclic AMP receptor protein from Thermus thermophilus HB8"
J. Bacteriol., 189, 3891-3901 (2007)
主宰者
- 新海 暁男
- チームリーダー
ポスドク
- 上利 佳弘
- 特別研究員
- 坂本 恵子
- リサーチアソシエイト