システム計算生物学研究グループ
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プロフィール
１．生命システムの解明と制御生命システムは原子・分子、細胞、個体（器官）から生態系まで様々なスケールの階層からなり、それらが密接に関連しています。当グループでは、計算機による解析と定量的な実験技術を用いて、生命の計算機上でのモデル化を行い、階層を超えてシステムを制御する機構を解明することを目指しています。さらに、医学や産業への応用も視野に入れ、構築したモデルをもとに生命システムの改変し新規の生命システムの創出を目指します。 ２．次世代計算生物学の基盤技術開発 次世代スーパーコンピュータなどを活用した大規模な生命解析を行うための基盤技術の開発を行います。例えば、高性能分子シミュレーションにより、生命システムを計測・制御するための分子設計技術の研究開発を行います。 |
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研究テーマ
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主要論文
| (1) | Nagashima, T., Suzuki, T., Kondo, S., Kuroki, Y., Takahashi, K., Ide, K., Yumoto, N., Hasegawa, A., Toyoda, T., Kojima, T., Konagaya, A., Suzuki, H., Hayashizaki, Y., Sakaki, Y. , and Hatakeyama, M.: "Integrative genome-wide expression analysis bears evidence of estrogen receptor-independent transcription in heregulin-stimulated MCF-7 cells." PLoS One, 3, e1803-1 ~ e1803-12, (2008). |
| (2) | Kimura, A., and Onami, S.: "Local cortical pulling force repression switches centrosomal centration and posterior displacement in C. elegans." J. Cell Biol., 179, No.7, 1347-1354, (2007) . |
| (3) | Narumi, T., Ohno, Y., Okimoto, N., Koishi, T., Suenaga, A., Futatsugi, N., Yanai, R., Himeno, R., Fujikawa, S., Ikei, M., and Taiji, M.: "A 55 TFLOPS Simulation of Amyloid-forming Peptides from Yeast Prion Sup35 with the Special-purpose Computer System MDGRAPE-3." Proc. Supercomputing 2006, in CD-ROM, (2006). |
| (4) | Kuroki, Y., Toyoda, A., Noguchi, H., Todd, D.T., Itoh, T., Dae-Soo, K., Kim, D.W., Choi, S.H., Kim, I.C., Choi, H.H., Kim,Y.S., Satta Y., Saitou N., Yamada T., Morishita S., Hattori M., Sakaki Y., Hong-Seog, Park and Fujiyama A.: "Comparative analysis of chimpanzee and human Y chromosomes unveils complex evolutionary pathway." Nature Genetics, 38, 158-167, (2006). |
| (5) | Suenaga, A., Takada, N., Hatakeyama, M., Ichikawa, M., Yu, X., Tomii, K., Okimoto, N., Futatsugi, N., Narumi, T., Shirouzu, M., Yokoyama, S., Konagaya, A., and Taiji, M.: "Novel mechanism of interaction of p85 subunit of phosphatidylinositol 3-kinase and ErbB3 receptor-derived phosphotyrosyl peptides." J. Biol. Chem. 280, 1321-1326, (2005). |